ピロリ除菌治療の副作用ですが４０～５０％前後と報告されております。最も多いのが下痢、軟便で約１０～２０％、次いで舌炎、口内炎、皮疹、肝機能障害などです。下痢が心配な場合は、整腸剤を併用することで予防効果があるとされています。出血性腸炎（血便などの症状）など治療中止になるような副作用がまれにあります。高齢者で副作用の頻度が特に高いということはありません。