健診などで用いられているペプシノゲン値はピロリ抗体と同様に萎縮性胃炎の程度を評価する際の手助けとなるとされています。萎縮性胃炎が進むとペプシノゲンⅠ値とペプシノゲンⅠ／Ⅱ比が低くなるとされます。また、ピロリ抗体は萎縮性胃炎で陽性となるとされますが、萎縮が高度に進行すると陰性となることもあるため尿素呼気試験など追加検査が必要な場合もあります。なお、ピロリ菌の検査、除菌ともに保険診療の場合、内視鏡検査での萎縮性胃炎の診断が必須となります。